E dentro da sua busca frutífera pela verdade está seu objetivo inicial, que é encontrar sua irmã, raptada há mais de vinte anos e que ele acredita ter sido abduzida por alienígenas.
Na tentativa de invalidar as suas investigações e fechar o arquivo x, o FBI recruta a agente Dana Scully, uma agente que além de médica, cientista e legista, é cética e deve reportar e dar uma explicação cientifica para os estranhos casos que Mulder e ela vão investigar, mais ou menos como uma espiã. Entretanto com o passar do tempo, a própria agente Scully começa a se dar conta de que as inacreditáveis teorias de seu parceiro fazem sentido e cada vez mais a sua ciência passa não mais a confrontar o que testemunha, mas a buscar respostas científicas para tais acontecimentos.
Pouco a pouco, Scully torna-se mais crente e sua parceria com Mulder evolui a estágios inesperados de grande amizade (nas temporadas seguintes um romance) e cumplicidade na busca pela verdade e para desbaratar a grande conspiração que envolve os altos escalões do governo americano.
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