O filme se passa num futuro 400 anos à frente, quando uma epidemia exterminou a maioria da população da Terra, exceto por uma cidade bem protegida chamada Bregna, governada por um congresso de cientistas. Theron interpreta o papel da personagem Aeon Flux, principal agente de um movimento rebelde conhecido como “Monikan”, liderado por Handler. Quando Aeon é enviada numa missão para matar o líder do governo, ela descobre muitos outros segredos, o que a faz questionar tudo em que acreditava até então.
